في المرحلة الاولى من علاج الارتجاع المعدي المريئي ينصح باجراء تغييرات في نمط الحياة، وقف التدخين, خفض الوزن وعدم تناول الاطعمة الدهنية، المقلية، الحمضيات، الشوكولاته، الاطعمة الحارة، شرب القهوة والشاي المركز. يجب الالتزام بالامتناع عن الاكل والشرب (ما عدا الماء) قبل اربع ساعات تقريبا من موعد الخلود الى النوم. من المفضل النوم بحيث يكون الجزء العلوي من الجسم بزاوية 30 درجة تقريبا.
بالنسبة لبعض المرضى، ليس كافيا مجرد التغيير في نمط الحياة وانما هنالك حاجة الى اعطائهم ادوية. هذه الادوية توقف انتاج الحمض في المعدة. من المتبع اليوم اعطاء العلاج تدريجيا – بجرعة كبيرة في البداية، ثم يتم خفض الجرعة بعد 4 – 8 اسابيع. الادوية الفعالة هي من مجموعة مثبطات مضخة البروتونات (Proton Pump Inhibitors – PPI) وتشمل: اومبرازول (Omeprazole)، لانسوبرازول (Lansoprazole)، بانتوبرازول (Pantoprazole). هذه الادوية تسبب وقف انتاج الحمض في المعدة خلال 60 ٪ – 70 ٪ من ساعات اليوم. بعدها، يمكن خفض الجرعة تبعا لمدى الاستجابة السريرية.
عدد قليل من مرضى الارتجاع المعدي المريئي، وخاصة اولئك الذين اصيبوا بالتهاب المريء الحاد في البداية، يحتاجون الى مواصلة العلاج والمتابعة لفترات متفاوتة. الغرض من هذا العلاج هو الوصول الى الحد الادنى من جرعة الدواء التي تتيح لمريض الارتجاع المعدي المريئي جودة حياة جيدة. يمكن اعطاء العلاج مرة واحدة, مرتين في اليوم, او مرة واحدة كل يومين.
في الاونة الاخيرة انتشرت طريقة يقوم خلالها المريض نفسه بتحديد الجرعة الدوائية وفقا لاحساسه السريري. بهذه الطريقة, يمكن تخفيض ثلثي جرعة الدواء التي يتناولها المريض.
ادوية اخرى لمعالجة الارتجاع المعدي المريئي تشمل: محصرات مستقبلات الهيستامين (مثل: زانتاك – Zantac، فاموتدين – Famotidine، سيميتاج – Cimetag)، هذه الادوية لا يتم وصفها اليوم لمرضى الارتجاع المعدي المريئي بشكل عام، بل تتناولها فقط مجموعة صغيرة من مرضى الارتجاع المعدي المريئي الذين يكون افراز الحمض لديهم مرتفعا في ساعات الليل وهم الذين يستفيدون من اضافة هذه الادوية.
لا تتوفر، حاليا، ادوية لتحسين حركية المريء، باستثناء دواء موتيليوم (Motilium)، ذي التاثير الضئيل.
مجموعة اخرى من مرضى الارتجاع المعدي المريئي، والتي تحظى بدرجة كبيرة من الاهتمام في الكتابات الطبية في السنوات الاخيرة، هي مجموعة المرضى الذين يعانون من الارتجاع المعدي المريئي ولكن لا يمكن تشخيص المرض لديهم بواسطة التنظير الداخلي (Endoscopy) الذي لا يظهر عيوب (NERD). هؤلاء المرضى يعانون من اعراض الارتجاع المعدي المريئي دون ادلة بالتنظير الداخلي على اصابة الغشاء المخاطي للمريء. هم، ايضا، يحتاجون للعلاج بالدواء احيانا، وحتى بجرعة كبيرة.
هنالك امكانية لاجراء عملية جراحية (تثنية القاع – Fundoplication) يتم اجراؤها بتنظير البطن (Laparoscopic surgery).
لدى نسبة قليلة من المرضى، قد تحصل مضاعفات، مثل تضيق المريء او ظهور تغيرات خاصة (مري باريت – Barrett’sesophagus)، في مخاطية المريء، والتي تتطلب مراقبة دقيقة من قبل طبيب الجهاز الهضمي. ظهور مخاطية باريت مرتبط بتعرض مخاطية المريء، على مدى وقت طويل، الى محتوى المعدة الذي يحتوي على الحمض، الصفراء وانزيمات الجهاز الهضمي العلوي. هؤلاء المرضى يحتاجون الى المتابعة الطبية عن كثب مع اخذ خزعات (Biopsy) متكررة.